Obstajajo trije načini programiranja CNC obdelovalnih strojev: ročno programiranje, avtomatsko programiranje in obdelovalni center CAD/CAM.
Ročno programiranje
Ročna analiza risbe delov, procesna obdelava, numerični izračun, pisanje seznama programov ter vnos in pregled programa se zaključijo ročno. Primeren je za točkovno obdelavo ali dele z manj kompleksnimi geometrijami, vendar je zelo zamuden in nagnjen k napakam pri sestavljanju kompleksnih delov.
Samodejno programiranje
Postopek uporabe računalnika ali stroja za programiranje za dokončanje priprave delovnih programov je zelo priročen za kompleksne dele.
CAD/CAM
Programska oprema CAD/CAM se uporablja za avtomatsko programiranje modeliranja in slik. Najbolj tipična programska oprema je Master CAM, ki lahko dokonča programiranje rezkanja 2, 3, 4 in 5, struženja, žične EDM, čeprav ima tovrstna programska oprema eno samo funkcijo, je preprosta za učenje in je poceni.